La vegetación que se encuentra en el Estado de México es muy amplia ya que su clima así lo permite albergando enormes zonas boscosas que comprenden los bosque de oyamel ubicados en la parte alta de la cuenca, en elevaciones por encima de los 2,900 m.s.n.m. y con clima templado, semifrío y con verano fresco y largo, subhúmedo y lluvias de verano. Estas condiciones se presentan en la región oriental de la cuenca y es la zona donde encontramos los bosques de oyamel.

Los bosques de pino son característicos de las montañas de la región, pero sin llegar a ser la vegetación predominante casi siempre se combinan con especies de encino para formar bosque de pino-encino.

El bosque de pino se localiza en partes elevadas por arriba de los 2,400 m.s.n.m. y alcanza grandes altitudes. Los pinares son comunidades donde el estrato más importante es el arbóreo, con alturas promedio entre los 20 y 30 mts.,  y donde el pino permite la presencia eventual de otras especies, Quercus, Abies, Alnus, Buddleia, Arbutus, en general tienen un sotobosque pobre en arbustos y el estrato herbáceo  puede ser abundante y contiene principalmente especies de las familias Asteraceae y Gramineae.

Los bosques de pino-encino predominante en la cuenca de Valle de Bravo, se localizan en elevaciones por arriba de los 1 800 m.s.n. m., y alcanza altitudes de hasta 2,700 m., donde se puede encontrar la especie de género Pinus que es la dominante. Tiene una estructura vertical, este tipo  de vegetación presenta de dos a tres estratos,  arbóreo, arbustivo y herbáceo, el estrato más importante es el arbóreo, con alturas promedio entre los 15 y 25 mts.,  la presencia de un estrato de arbustos definido como tal esta relacionada con el manejo en el manejo de cada bosque ,.

En lugares donde se extrae madera sin ninguna práctica de reforestación o en lugares donde se practica el cultivo y posteriormente se abandonan el estrato arbustivo prácticamente no existe.

Los bosques de encino se encuentra localizada en la parte central, donde afloran algunas formaciones de rocas ígneas y la superficie resulta rocosa, con suelo escaso y de poca profundidad.

El bosque de encino presenta los individuos del estrato arbóreo distribuido horizontalmente de manera dispersa  las copas de los árboles cubren entre el 50 y 60% de la superficie. La altura promedio de este estrato es de unos 9 mts., sin ser el estrato dominante cubre aproximadamente el 85% de la superficie y lo conforman diversas especies de  labiadas y gramíneas.